Сергей Афонин координирует деятельность Министерства жилищно-коммунального хозяйства Республики Башкортостан, Государственной жилищной инспекции Республики Башкортостан, Государственного комитета Республики Башкортостан по строительству и архитектуре, Государственного комитета Республики Башкортостан по транспорту и дорожному хозяйству, Инспекции государственного строительного надзора Республики Башкортостан.