Одним из наиболее затратных инвестпроектов РЖД на территории Башкирии остаётся реконструкция железнодорожного вокзала Уфы, рассчитанного на обслуживание 6200 человек в сутки. Работы начались еще в 2004 году и идут до сих пор. В 2019 году должна быть выполнена реконструкция существующего здания вокзала, конкорса, наружных инженерных сетей и строительство пассажирской платформы №4. На втором этапе, рассчитанном на 2020-2021 годы, планируются реконструкция пассажирских платформ №2 и №3, реконструкция и удлинение пешеходного тоннеля, а также строительство рядом с вокзальной площадью шестиэтажной гостиницы на 100 мест. Для возведения гостиницы оценочной стоимостью в полмиллиарда рублей ведется поиск инвестора.
Согласно дорожной карте, в этом году на реконструкцию железнодорожного вокзала Уфы РЖД будет выделено 568 миллионов рублей. По данным на сентябрь, объем уже выделенных средств составил 380 миллионов рублей.